COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 18.988995 18.988995 16.530399
2021-02-25 17:00:00 19.084453 19.084453 16.274359
2021-02-24 17:00:00 15.522896 15.522896 15.958718
2021-02-23 17:00:00 14.933375 14.933375 15.630884
2021-02-22 17:00:00 16.860720 16.860720 15.314237
2021-02-21 17:00:00 13.928205 13.928205 15.041732
2021-02-20 17:00:00 14.616740 14.616740 14.812506

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 19.241983 19.241983 13.113784
2021-02-25 17:00:00 12.611047 12.611047 12.911626
2021-02-24 17:00:00 11.334746 11.334746 12.688653
2021-02-23 17:00:00 10.956108 16.774413 12.585808
2021-02-22 17:00:00 4.696280 8.255910 12.491618
2021-02-21 17:00:00 5.152105 11.993324 12.412594
2021-02-20 17:00:00 10.325507 10.325507 12.318195

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 13.509317 13.509317 14.179368
2021-02-25 17:00:00 16.358839 16.358839 14.065771
2021-02-24 17:00:00 18.281938 18.281938 13.856022
2021-02-23 17:00:00 15.961945 15.961945 13.788998
2021-02-22 17:00:00 18.222222 5.455755 13.770845
2021-02-21 17:00:00 9.878419 9.878419 13.758401
2021-02-20 17:00:00 11.578947 11.578947 13.742865

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 8.992537 12.101431 8.642225
2021-02-25 17:00:00 8.279983 9.753645 8.579146
2021-02-24 17:00:00 11.834823 7.386122 8.478147
2021-02-23 17:00:00 5.814536 5.814536 8.322861
2021-02-22 17:00:00 12.102564 5.923695 8.301725
2021-02-21 17:00:00 8.709016 8.709016 8.224802
2021-02-20 17:00:00 11.145194 11.145194 8.256075

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 18.623392 18.623392 12.616443
2021-02-25 17:00:00 15.792610 10.978678 12.497229
2021-02-24 17:00:00 16.280456 12.197303 12.427285
2021-02-23 17:00:00 35.623915 11.040209 12.399831
2021-02-22 17:00:00 17.385016 9.442633 12.395963
2021-02-21 17:00:00 12.256968 12.256968 12.342840
2021-02-20 17:00:00 11.825682 11.825682 12.389695

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 36.965260 26.327878 30.408612
2021-02-25 17:00:00 28.843500 28.843500 30.463556
2021-02-24 17:00:00 22.643605 22.643605 29.985597
2021-02-23 17:00:00 34.187298 34.187298 29.325692
2021-02-22 17:00:00 51.291308 51.291308 29.046049
2021-02-21 17:00:00 34.037861 34.037861 28.753100
2021-02-20 17:00:00 26.523077 26.523077 28.475205

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 16.678546 16.678546 13.139707
2021-02-25 17:00:00 19.688671 8.936293 12.969602
2021-02-24 17:00:00 15.978399 15.978399 12.865621
2021-02-23 17:00:00 10.841206 10.841206 12.714414
2021-02-22 17:00:00 17.726161 12.004850 12.616911
2021-02-21 17:00:00 18.020305 18.020305 12.499144
2021-02-20 17:00:00 11.172036 11.172036 12.470750

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 8.462554 5.603211 5.828584
2021-02-25 17:00:00 16.893073 7.345029 5.828309
2021-02-24 17:00:00 5.912213 5.912213 5.805950
2021-02-23 17:00:00 4.410160 4.410160 5.739624
2021-02-22 17:00:00 10.667000 5.114385 5.663132
2021-02-21 17:00:00 7.537399 7.537399 5.616766
2021-02-20 17:00:00 5.176484 5.176484 5.601621

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 13.764706 13.764706 11.866577
2021-02-25 17:00:00 14.814815 14.814815 11.732788
2021-02-24 17:00:00 10.074231 10.074231 11.560683
2021-02-23 17:00:00 12.110617 12.110617 11.337033
2021-02-22 17:00:00 10.104012 5.118555 11.082903
2021-02-21 17:00:00 14.785992 14.785992 10.944491
2021-02-20 17:00:00 13.986827 13.986827 10.861943

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 30.256955 30.256955 25.880110
2021-02-25 17:00:00 27.240627 27.240627 25.424829
2021-02-24 17:00:00 26.376604 26.376604 24.923955
2021-02-23 17:00:00 26.165858 26.165858 24.517562
2021-02-22 17:00:00 22.343773 22.343773 24.086891
2021-02-21 17:00:00 22.186921 22.186921 23.634767
2021-02-20 17:00:00 21.644680 21.644680 23.274674

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 19.741007 19.741007 14.650674
2021-02-25 17:00:00 13.013333 9.724444 14.320983
2021-02-24 17:00:00 17.721519 17.721519 14.203139
2021-02-23 17:00:00 11.756374 16.681022 13.929265
2021-02-22 17:00:00 22.328244 14.657278 13.390354
2021-02-21 17:00:00 11.940299 11.940299 13.187151
2021-02-20 17:00:00 14.463247 14.463247 12.839595

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 12.805474 12.805474 9.125769
2021-02-25 17:00:00 8.632138 8.632138 9.391527
2021-02-24 17:00:00 9.090909 9.090909 9.472128
2021-02-23 17:00:00 8.049536 2.765957 9.152265
2021-02-22 17:00:00 12.241888 12.241888 8.957583
2021-02-21 17:00:00 7.127660 7.127660 8.895831
2021-02-20 17:00:00 8.976834 8.976834 8.810714

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 69.721116 69.721116 77.573263
2021-02-25 17:00:00 80.135440 80.135440 77.030648
2021-02-24 17:00:00 80.498866 80.498866 76.376639
2021-02-23 17:00:00 114.024390 114.024390 76.985302
2021-02-22 17:00:00 62.033898 62.033898 76.056770
2021-02-21 17:00:00 59.280303 59.280303 75.124410
2021-02-20 17:00:00 72.272727 72.272727 75.834470

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 89.769821 89.769821 91.343057
2021-02-25 17:00:00 114.366197 114.366197 91.001515
2021-02-24 17:00:00 88.366337 88.366337 89.345378
2021-02-23 17:00:00 75.570033 75.570033 87.835400
2021-02-22 17:00:00 28.037383 128.738318 88.465995
2021-02-21 17:00:00 77.083333 77.083333 87.318728
2021-02-20 17:00:00 76.847291 76.847291 85.825595

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 16.592367 16.592367 15.714356
2021-02-25 17:00:00 19.306865 19.306865 15.550039
2021-02-24 17:00:00 18.205739 18.205739 15.301768
2021-02-23 17:00:00 13.337679 13.337679 15.089158
2021-02-22 17:00:00 19.126010 9.739369 14.678542
2021-02-21 17:00:00 14.354752 14.354752 14.457267
2021-02-20 17:00:00 13.439916 13.439916 14.223150

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 23.101067 23.101067 22.833244
2021-02-25 17:00:00 28.430648 28.430648 22.582467
2021-02-24 17:00:00 22.589469 22.589469 22.448399
2021-02-23 17:00:00 14.436064 20.275930 21.945989
2021-02-22 17:00:00 13.557312 21.424118 21.758117
2021-02-21 17:00:00 45.038622 19.141414 21.470498
2021-02-20 17:00:00 23.494289 23.494289 21.470108

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 3.899721 3.899721 3.395610
2021-02-25 17:00:00 4.132231 4.132231 3.533892
2021-02-24 17:00:00 3.225806 3.225806 3.629953
2021-02-23 17:00:00 2.279340 2.279340 3.619657
2021-02-22 17:00:00 8.555556 4.112150 3.661727
2021-02-21 17:00:00 2.584182 2.584182 3.753811
2021-02-20 17:00:00 3.935310 3.935310 3.799377

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 11.571572 11.571572 10.139100
2021-02-25 17:00:00 11.343449 11.343449 9.945447
2021-02-24 17:00:00 10.662994 10.662994 9.769921
2021-02-23 17:00:00 9.040000 9.040000 9.736107
2021-02-22 17:00:00 9.325487 9.325487 9.485727
2021-02-21 17:00:00 8.808401 8.808401 9.350977
2021-02-20 17:00:00 10.315560 10.315560 9.302132

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 10.627119 7.953390 8.312914
2021-02-25 17:00:00 10.918627 7.573109 8.336915
2021-02-24 17:00:00 8.574287 8.574287 8.321982
2021-02-23 17:00:00 9.122108 9.122108 8.247673
2021-02-22 17:00:00 14.317146 8.617917 8.258344
2021-02-21 17:00:00 8.552748 8.552748 8.222498
2021-02-20 17:00:00 8.324598 8.324598 8.172837

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 31.765835 31.765835 28.258017
2021-02-25 17:00:00 27.958115 27.958115 28.508134
2021-02-24 17:00:00 27.443609 27.443609 28.958431
2021-02-23 17:00:00 23.165340 23.165340 28.693957
2021-02-22 17:00:00 70.802920 26.877092 28.754013
2021-02-21 17:00:00 25.738799 25.738799 28.664315
2021-02-20 17:00:00 38.453390 38.453390 28.535816

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 11.206897 11.206897 7.068361
2021-02-25 17:00:00 2.061856 2.061856 7.187210
2021-02-24 17:00:00 11.965812 11.965812 7.474342
2021-02-23 17:00:00 2.898551 2.898551 7.290290
2021-02-22 17:00:00 43.750000 12.017167 7.375409
2021-02-21 17:00:00 3.968254 3.968254 7.296971
2021-02-20 17:00:00 3.361345 3.361345 7.384558

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-26 17:00:00 35.244671 35.244671 29.225448
2021-02-25 17:00:00 30.325581 30.325581 29.133132
2021-02-24 17:00:00 27.022947 27.022947 28.448937
2021-02-23 17:00:00 35.878378 35.878378 28.060937
2021-02-22 17:00:00 30.829800 16.230867 27.704814
2021-02-21 17:00:00 14.265845 24.256757 27.274932
2021-02-20 17:00:00 36.837430 36.837430 26.939784

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 19.241983 19.241983 13.113784
Basilicata 13.509317 13.509317 14.179368
Calabria 8.992537 12.101431 8.642225
Campania 18.623392 18.623392 12.616443
Emilia-Romagna 36.965260 26.327878 30.408612
Friuli Venezia Giulia 16.678546 16.678546 13.139707
Lazio 8.462554 5.603211 5.828584
Liguria 13.764706 13.764706 11.866577
Lombardia 30.256955 30.256955 25.880110
Marche 19.741007 19.741007 14.650674
Molise 12.805474 12.805474 9.125769
P.A. Bolzano 69.721116 69.721116 77.573263
P.A. Trento 89.769821 89.769821 91.343057
Piemonte 16.592367 16.592367 15.714356
Puglia 23.101067 23.101067 22.833244
Sardegna 3.899721 3.899721 3.395610
Sicilia 11.571572 11.571572 10.139100
Toscana 10.627119 7.953390 8.312914
Umbria 31.765835 31.765835 28.258017
Valle d'Aosta 11.206897 11.206897 7.068361
Veneto 35.244671 35.244671 29.225448

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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